Description

Au cours du cycle de réplication du Virus de l’Immunodéficience Humaine (VIH-1), l’étape d’intégration du génome viral au génome cellulaire constitue une étape essentielle puisqu’elle assure la stabilité du provirus à l’origine de la production de nouvelles particules virales infectieuses. Ainsi, les inhibiteurs de l’intégrase sont un pilier de l’arsenal des antirétroviraux utilisés en clinique bloquant très efficacement l’intégration du VIH-1. Cependant, le VIH-1 est capable de développer des mutations de résistance lui permettant d’échapper aux traitements.
Notre équipe travaille depuis longtemps sur la caractérisation de ces mécanismes de résistance. Dans le cadre de nos recherches, nous avons récemment sélectionné un virus résistant aux inhibiteurs de l’intégrase ayant la particularité́ de ne présenter aucune mutation au niveau du gène codant l’intégrase mais des mutations au niveau de la région « polypurine tract » située en 3’ (3’PPT) impliquée dans l’étape de transcription inverse (RT) (Malet et al.,2017). Nos travaux ont mis en évidence un mécanisme de réplication inédit de ce virus mutant 3’-PPT indépendant de la voie classique d’intégration (Richetta et al, 2022). En effet, au cours de la réplication du virus, les mutations de la région 3’PPT semblent entrainer une modification du processus de RT conduisant à la formation d’ADN viral circulaire non intégré (cercles à 1-LTR) au lieu de la formation classique d’ADN viral linéaire (substrat de l’intégrase). Les cercles à 1- LTR ainsi formés permettent l’expression de protéines virales et la formation de nouvelles particules virales infectieuses rendant la réplication du virus indépendante de la voie intégrative et expliquant la résistance aux inhibiteurs de l’intégrase (INI) (Richetta et al, 2022). De manière très intéressante, des mutations similaires de la région 3'-PPT ont été identifiées chez des patients infectés par le VIH-1 (Wijting et al., 2017) suggérant que l'acquisition de telles mutations constitue une voie d'échappement aux inhibiteurs de l'intégrase. Les objectifs principaux de ce projet de thèse sont d’apporter de nouvelles informations sur le mécanisme de réplication des virus résistants aux INI portant des mutations du 3’PPT ainsi que sur sa régulation. Ils se divisent en deux grands axes. Le premier axe consistera à déterminer comment les mutations du 3’PPT permettent une formation augmentée de cercles 1-LTR menant à une résistance aux INSTIs. Un focus particulier sera fait sur l’impact de ces mutations sur le déroulement de l’étape de transcription inverse qui, selon notre hypothèse, est totalement modifiée. Le deuxième axe du projet visera à identifier les facteurs viraux mais aussi cellulaires permettant une expression des formes d’ADN non intégrées et aboutissant à la production de virus infectieux. Le candidat.e étudiera notamment l’impact de la souche virale utilisée ainsi que l’effet de facteurs viraux et cellulaires présents dans différentes lignées cellulaires. Ce projet permettra de mettre en lumière un nouveau mécanisme de résistance aux anti-intégrases impliquant un mécanisme de transcription inverse non conventionnel.

Compétences requises

Étudiant.e ayant fait un M2R de virologie ou infectiologie ou biologie cellulaire et moléculaire. Expérience en culture cellulaire (manipulation sous poste de sécurité́ microbiologique) souhaitée.

Bibliographie

- Richetta, C.; Tu, N. Q.; Delelis, O. Different Pathways Conferring Integrase Strand-Transfer Inhibitors Resistance. Viruses 2022, 14 (12), 2591. https://doi.org/10.3390/v14122591
- Richetta C, Subra F, Malet I, Leh H, Charpentier C, Corona A, Collin G, Descamps D, Deprez E, Parissi V, Calvez V, Tramontano E, Marcelin AG, Delelis O. Mutations in the 3’-PPT lead to HIV-1 replication without integration. J Virol. 2022 Jul 27;96(14):e0067622.
- Malet I, Subra F, Charpentier C, Collin G, Descamps D, Calvez V, Marcelin AG, Delelis O.Mutations Located outside the Integrase Gene Can Confer Resistance to HIV-1 Integrase Strand Transfer Inhibitors.mBio. 2017 Sep 26;8(5)
- Wijting I, Rokx C, Boucher C, van Kampen J, Pas S, de Vries-Sluijs T, Schurink C, Bax H, Derksen M, Andrinopoulou E-R, van der Ende M, van Gorp E, Nouwen J, Verbon A, Bierman W, Rijnders B. 2017. Dolutegravir as maintenance monotherapy for HIV (DOMONO): a phase 2, randomised non-inferiority trial. Lancet HIV 4:e547–e554.

Mots clés

Virologie, Rétrovirus, Résistance aux antirétroviraux, VIH